Первоначально управление Сибирью было сосредоточено в Московском Посольском приказе, затем в Приказе Казанского дворца, а с 1637 г. — в специально утвержденном Сибирском приказе. В этот период Сибирь делилась на 4 разряда. На территории Западной Сибири были Тобольский и Томский разряды. Административной единицей был уезд.
В начале XVIII в. в России был проведен ряд реформ, сущность которых сводилась к созданию нового административно-территориального деления. Царским Указом от 18 декабря 1708 г. Россия была разделена на 8 губерний. В состав Сибирской губернии вошла вся территория от Вятки до Камчатки. Губернии сначала делились на уезды, а в конце второго десятилетия XVIII в. — на провинции.
В 1764 г. Сибирская губерния была переименована в «Сибирское царство», подразделявшееся на Тобольское и Иркутское генерал-губернаторства. В составе Тобольского генерал-губернаторства в 1779 г. была образована Колыванская область, включавшая Барнаульский, Томский, Кузнецкий и Бурлинский округа. В 1783 г. область была переименована в Колыванскую губернию. В нее входило 5 уездов: Колыванский, Бийский, Кузнецкий, Семипалатинский и Красноярский. Губернским центром был Бердский острог, переименованный в Колывань (Название Колывань, по указу от 12 мая 1783 г. о переименовании Колыванской области в губернию, было дано не Чаусскому, а Бердскому острогу, по упразднению которого это имя было перенесено на Чаусский острог).
В 1782—1783 гг. на территории Западной Сибири были образованы Тобольское и Колыванское наместничества. Тобольское наместничество, включавшее Тобольскую и Томскую области, составляло вместе с Пермской губернией одно генерал-губернаторство. Колыванское наместничество включало в себя весь округ Колывано-Воскресенских заводов, которым управлял Иркутский генерал-губернатор.
По указу от 12 декабря 1796 г. Колыванское наместничество было упразднено, а его территория присоединена к образованным Тобольской и Иркутской губерниям. В 1797 г. должность генерал-губернатора Тобольской губернии была ликвидирована.
После восстановления сибирских генерал-губернаторств (1803 г.) Тобольская губерния в 1804 г. была разделена на две губернии: Тобольскую и Томскую. Тобольская губерния (с центром в г. Тобольске) делилась на 9 округов: Тобольский, Тюменский, Туринский, Ялуторовский, Курганский, Ишимский, Тарский, Омский и Березовский. В Томскую губернию (с центром в г. Томске) вошло 8 округов: Томский, Каннский, Красноярский, Енисейский, Туруханский, Нарымский, Кузнецкий и Бийский.
Указом от 26 января 1822 г. (по проекту, разработанному М.М. Сперанским, занимавшим в 1819—1822 гг. пост сибирского генерал-губернатора) Сибирь была разделена на Западно-Сибирское и ВосточноСибирское генерал-губернаторства. В состав первого вошли Тобольская, Томская губернии и Омская (позднее Акмолинская) область, которые делились на округа. В 1858 г. округа повсеместно были реорганизованы в уезды. Округа делились на волости. Во главе округов и волостей были учреждены окружные и волостные управления.
По со стоянию на 1913 г. административно-территориальное деление Сибири выглядело следующим образом: Приморское генерал-губернаторство, состоявшее из Сахалинской, Камчатской, Приморской и Амурской областей; Степное генерал-губернаторство — из Акмолинской и Семипалатинской областей; Иркутское генерал-губернаторство — из Иркутской и Енисейской губерний, Якутской и Забайкальской областей; Тобольская губерния, Томская губерния. Накануне Октябрьской революции (1916 г.) Томская губерния состояла из Барнаульского, Байского, Змеиногорского, Каменского, Кузнецкого, Марианского а Томского уездов.
Со времени окончательного установления Советской власти и начала социалистических преобразований в Сибири в конце 1919 — начале 1920 гг. и до середины 20-х годов сохранялось дореволюционное административно-территориальное деление на губернии, уезды и волости.